Carli Filho é acusado de ter provocado um acidente, em 7 de maio de 2009, que matou dois rapazes. Nos depoimentos, ele diz não se lembrar do acidente e admite apenas ter tomado vinho antes de dirigir. Segundo laudo do Instituto de Criminalística (IC), o carro conduzido por Carli Filho estava a uma velocidade entre 161 km/h e 173 km/h e o então deputado tinha a carteira suspensa, com mais de 130 pontos.

Segundo a assessoria do Detran, Carli Filho ainda não deu entrada no pedido para participar de um curso de reciclagem. O Detran afirmou que não pode fornecer mais detalhes sobre o caso, pois são sigilosos e cabem apenas ao motorista ou seu representante. O processo administrativo do Detran não é atrelado ao processo judicial. Carli Filho aguarda julgamento por homicídio pelo Tribunal do Júri.